ウイルス感染やカビの感染が原因の口内炎ならば、抗ウイルス薬や抗真菌剤を服用する必要があります。
この場合も病院を受診して処方してもらう必要があります。

関連：口内炎の感染　〜口内炎はキスでうつる？〜
関連：「口内炎」に関する皆のQ&A 合わせて読みたい いつまでも続く口内炎は、重い病気のサイン？
口の中にカビ？ 鵞口瘡(ガコウソウ)って何？
口から性病が！？ オーラルセックスの2つの危険
口呼吸は、百害あって一利なし。口呼吸をやめたい5つの理由