今となっては、そのはっきりとした真相を明らかにすることは難しいかもしれません。ただ、「藪医者」という言葉が、後者の意味に近いところで生まれたのだとしたのならば、ひょっとしたら、この言葉には都会の人たちが田舎の人たちに対して抱きがちな、蔑みに似た感情が含まれた言葉なのかもしれませんね。
参考：
森川許六編、伊藤松宇校『風俗文選』岩波書店 岩淵悦太郎『語源散策』河出文庫日本の文化と「今」をつなぐ - Japaaan
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