しかし、3が放送されるにあたり長年の謎と言うべき矛盾点についても話題になっているのです。

一体どのような矛盾点があるのか、ネット上で話題になっている一部をご紹介していきたいと思います。

パート3で判明するけどこの時代にデロリアンが実は2台あるって胸アツ！ #バック・トゥ・ザ・フューチャー pic.twitter.com/LgnU9OsOnK

— もちぇ (@moche_) June 12, 2020

ドクが作ったデロリアンは1台ですがタイムトラベルを繰り返しているうちに、デロリアンが2台同じ時間に存在するというのです。

パート2の最後でドクが1885年に飛ばされ、その後鉱山に隠したデロリアン、そしてパート3でマーティが1885年にタイムスリップしてきたデロリアンが存在し、パート3の1885年軸にデロリアンは2台ある説がネット上で有力視されています。
また、1955年には4台存在しているのではないかという意見もありました。

録画したBTTF3見てる。3冒頭時点においての、ドクの墓の「愛するクララ」って言葉と、「クレイトン峡谷」ってネーミングが両立してるの、矛盾してない？

— コトブキ (@ktbk) April 2, 2016

3の冒頭で、ドクの墓に「愛するクララ」という文字が刻まれていると言う事ですが、3では過去にタイムトラベルしたドクがクララと恋に落ちるのです。
ドクがクララと出会う前から、お墓にクララの文字が刻まれていることに疑問を感じる方が多いようです。