4. 肉体的限界を超えてもマトリックスから抜け出せる
メンタル的にマトリックス世界であることを理解したり、脱出プログラム(赤いカプセル)を取り入れたり、脱出回線と繋がるなどしなくとも、人類はマトリックス世界から脱することができる。肉体的鍛錬を積み重ね、本来は到達できない数値にまでパラメータを上昇させることで一種のバグを引き起こし、マトリックス世界にアノマリーを発生。現実世界への扉が開かれる可能性が示唆されている。ただし、そのような個体は基本的にエージェントにより抹消またはリブートされる。

5. マシン側にはプログラム体とマシン体がある
マトリックス世界はリアル世界のマシンシティのサーバーにて管理されている。マトリックス世界にはプログラム体としてメロヴィンジアンやパーセフォニー、キー・メーカー、エージェントなどがおり、マシンとしてのリアルな体は持っていない。しかし、マシンシティには数多くのマシン体が生活しており、マシン側にプログラム体とマシン体の2種類があることがわかる。

一部では「デウスエクスマキナ(マシン体)とアーキテクト(プログラム体)は同一の存在なのでは？」との情報もあるが、現時点では不明なままであり、「マトリックス レザレクションズ」など今後の続編で判明するかもしれない。

6. プログラム体は人間に上書き保存可能
マトリックス世界においてプログラム体が人類を乗っ取った場合、記憶や性格を上書き保存することができる(もとの人格はほぼ消える)。そのままマトリックス世界で「なりすまし」として行動できるが、上書き保存した状態でリアル世界に精神を移行させた場合、プログラム体が人間としてリアル世界で行動することができる。リアル世界で命を落としたとしても、マトリックス世界にバックアップ体やコピー体があればプログラム体自体が消滅することはない。