２　自主点検の回答状況が不明である
自主点検の対象企業には原料を使用した食品製造業者が含まれるが、その製品を流通させた卸業者についても同様の調査が行われたか否かは公表されていない。卸業者への照会の有無、照会した場合の回答状況、それをどう評価したかについて、弊社は文書を確認できていない。
また、弊社が把握している範囲において、同業者の中に自主点検の回答を行っていない業者が数社存在する。回答しなかった業者がどのように扱われたか、行政として未回答業者をどう把握・対応したかについても、公表文書で確認できていない。
３　「食品衛生法違反でない」とする判断の根拠文書が存在しない
弊社は令和７年６月13日付で厚生労働省に対し、「2024年４月５日に厚労省が『紅麹由来製品は食品衛生法第６条第２項違反でない』と判断した際の根拠文書一式」の開示を請求した（開第691号）。
令和７年８月５日付の回答（厚生労働省発健生0805第１号）において、厚生労働省は以下の文書すべてについて「事務処理上作成又は取得した事実はなく、実際に保有していないため」として不開示とした：
・  内部決裁文書・会議資料・検討記録・局内メモ・課内会議資料・法務管理記録
・  有識者等の意見聴取結果または参考にした外部資料（論文・行政指針・学術情報等）
・  令和６年７月以降に小林製薬から追加提出された報告資料および再評価経緯に関する内部資料
開示されたのは、プレスリリース１件と【調査結果】調査票（小林製薬173社調査）のみであった。
すなわち、「食品衛生法違反でない」という行政判断を支える内部検討の記録は一切存在しないことが、厚生労働省自身の回答によって確認された。
食品衛生法第28条に基づく収去（行政による独立した試験）が実施されていないことは既に複数の情報開示文書（大大保第8562号等）で確認済みである。収去なき状態で、内部検討記録も存在しないまま「違反でない」と判断することが、食品衛生法の執行として適切であったかについては、引き続き疑問が残る。