一般的な血液検査を行い、血小板や白血球の減少、肝機能の数値の異常が見られた場合はSTFSが疑われますが、すべての異常が一度に現れるわけでもありません。

また、患者がマダニに刺されたことに気がついていないと診断が難しくなります。マダニは血を吸うときに、蚊と同じように麻酔作用のある液体を注入するので、刺されても気づかない場合もあります。

ウイルスを直接検出する検査は保険適応の一般的な方法の中にはないため、保健所を通じて国立感染症研究所などの専門機関に依頼して行う必要があります。

特効薬的な薬はなく、症状に応じた治療を行っているのが現状です。インフルエンザに使用される抗ウイルス薬を実験的に使うこともありますが、確立された治療法ではありません。