デメリット2：市販の消毒剤と比べて、やや高価


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市販の消毒剤と比べ、やや価格帯が高くなってしまいますが、効果や安全性を考えれば、決して高すぎるということはありません。

デメリット3：保存期間が短い


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　次亜塩素酸水は次亜塩素酸ナトリウムや他の除菌消臭剤と比較して寿命が短い商品です。 業務用で用いる強酸性次亜塩素酸水（強酸性次亜塩素酸水）は数日で効果を失ってしまうため、保存して使うのではなく製造装置を購入し、基本的には掛け流しで用います。 
一方家庭で用いる場合に製造装置を導入することは難しいため、比較的寿命の長い微酸性次亜塩素酸水（微酸性次亜塩素酸水）を購入して用います。ですが適切に保存をしても、未開封・未希釈状態で約1ヶ月～半年程度で効果が薄れてしまいます 。