当時6歳の少女に厚化粧を施し、ドレスや水着を着せ、ミスコンテストに積極的に出場させる両親を非難する向きもあった。警察は当初、両親がジョンベネちゃんを虐待、その結果死なせてしまったと考えていたが、証拠不十分で起訴を断念したと各社が報じている。

　次に疑われたのはジョンベネちゃんの兄だ。ジョンベネちゃんには当時9歳の兄がおり、この兄がジョンベネちゃんを殺害、それを知った両親が隠蔽工作をしたという説を2016年9月20日付『Daily Mail』で詳しく報じている。記事によると、司法解剖の結果、ジョンベネちゃんの胃の中からパイナップルが見つかっている。パイナップルは母親が兄のために用意したものだ。事件当日の台所写真にも、容器に入ったパイナップルが確認できる。米TV局CBSの取材では、ジョンベネちゃんにパイナップルを食べられたと知った兄が怒り狂い、ジョンベネちゃんの頭を殴りつけた結果、死なせてしまったとする仮説を紹介。さらに本事件の1年前にも、兄はカッとなって、ジョンベネちゃんの顔面をゴルフクラブで殴打、傷跡が残るほどの怪我を負わせていたと、兄の暴力性を伝えている。

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　両親、兄の犯人説を否定したのはDNA鑑定だ。ジョンベネちゃんの死因は、頭蓋骨の骨折と、首を絞められたことによる窒息の両方だ。性的暴行も受けていたジョンベネちゃんの下着や、爪の中からは、犯人のものとみられる「物質」が採取されている。2008、16年に行われたDNA鑑定では、兄、父親、母親いずれとも一致せず。となると、外部犯行説が有力であろう。ジョンベネちゃんが発見された地下室には、家族以外の足跡が残っていたとされる。しかし、事件当初、警察が現場の保存をしなかったことからその証拠は大きく失われているという。
　
　決定的な証拠がなく、事件は迷宮入りしている。メディアの報道によって、今も兄や両親を犯人と考える人も少なくない。ジョンベネちゃんの家族のためにも、犯人が特定され、事件が解決することを願ってやまない。