小林製薬紅麹事件研究解説 「青カビが工場に混入した」という説の矛盾を検証する（後編）─ 小林製薬は調査前から当該菌株を保有していた ─ (5/7ページ)
吉成文献はこの点について「汚染経路の特定は困難（it is difficult to determine the contamination route）」と述べるにとどまり、説明を回避している。
しかし、大阪工場から和歌山工場への製造設備移転（2023年12月）という事実を考慮すれば、移転した設備に菌株が付着していた可能性も一つの仮説として考えられる。いずれにせよ、「それぞれの工場に独立して環境から偶発的に混入した」という説明は、系統的同一性という事実と両立しない。
5 構造的利益相反──調査・論文・資金・菌株の全てが集中している
[資料: https://files.value-press.com/czMjYXJ0aWNsZSM4NzA5MSMzNzM5MzcjMzczOTM3XzE0OTE1OTI1ODAyZjcxOGVhYjI4Nzk5ODFlOWM3YWE3LnBuZw.png ]
調査・論文執筆・資金提供・菌株・標準品の提供が、調査対象企業（小林製薬）と規制当局（厚労省・NIHS）に集中している。これは科学的独立性の根幹に関わる問題であり、国際的な科学論文倫理の観点からも申告すべき利益相反が存在したと言わざるを得ない。
