■この少女のブロックには「OZ」の文字だけでなく、ヘリコプターの絵も描かれている。このヘリコプターは終盤でビルに激突するヘリコプターを意識していると考えられる。

■ネオがトーマス・アンダーソンだった頃に働いていたオフィスに置かれている2冊の電話帳は、のちにオラクルの家の冷蔵庫の上にも置かれている。

■映画のラストで、流れるように動く数字の上に「System Failure」という文字が登場するが、この文字が現れる直前に表示されている数字を見てみると、米国の緊急通報用番号である911が含まれている。

■HDバージョンの『マトリックス』がリリースされた時にブロガーが指摘していたことでもあるが、トーマス・アンダーソンのパスポートの有効期限が2001年9月11日（アメリカ同時多発テロ事件が発生した日）となっている。

■トーマス・アンダーソンが勤めていた脊柱を彷彿させるビルにデカデカと掲げられている社名は「METACORTEX」で、「CORTEX」という意識の部分で重要な役割を果たす脳の表層組織を意味する文字が含まれている。つまり、「METACORTEX」とは「一段と高い階型の意識」という解釈ができるかもしれない。

しかし、社内にある社名表記は「CORTEX」ではなく、「CORTECHS」でテクノロジーを意味する文字となっている。

■ネオがエージェントスミスをあしらうまでに強くなった時に使われたBGMは、『2001年宇宙の旅』でスターチャイルドが地球を見下ろす際に使われているリヒャルト・シュトラウスの「ツァラトゥストラはかく語りき」を参照している。