原田さんの死後2日後（09年12月14日）には、相互暴行事件は刑事課、迷惑防止条例違反事件は生活安全課の管轄だが、両課による「特命捜査本部」が設置された（被告側の東京都や新宿署長、捜査の指揮にあたった警部補は、この名称の捜査本部の存在を認めていない）。死後にＪＲから提出された防犯カメラの映像には原田さんが痴漢するシーンはない。

　防犯カメラ映像について、新宿署長（当時）はこう証言した。

原告代理人　防犯カメラ映像は、どの課で見ている？

新宿署長（当時）　聞かれてもわかりません。報告も受けていない。解析をした写真を見せていただいた。

　また、映像を見たと思われる生活安全課長（当時）は、映像からは原田さんが痴漢と断定できないと証言した。

原告代理人　見た映像から、原田さんが痴漢と断定する映像？

生活安全課長（当時）　断定できる映像はない

原告代理人　触っている映像は？

生活安全課長（当時）　ない

　これまでの証言などで、刑事課のM警部補が特命捜査本部の捜査主任だということがわかっている。しかし、M警部補は防犯カメラ映像は見ていない。そのことは、前回の証人尋問でわかっている。

原告代理人　ビデオは刑事課では見た？

M警部補　見てない

　11月17日の証人尋問で、新宿署長（当時）は、刑事課と生活安全課の合同捜査本部として、「M警部補が申し出た」として、設置を承認している。捜査をM警部補に任せてきた。そして、生活安全課長もなぜか、M警部補にまかせきりになっている。M警部補は刑事課の課長代理。