ところが、チャールズ二世の王政復古後、カヴェナンターは迫害時代に突入する。ペデンは他の300人の聖職者たちとともに強制的に教会を追放され、26年に及ぶ迫害が始まった。

　すぐに彼は、スコットランド南部や中央を放浪しながら説教を始め、有名になった。そのため、ペデンは政府から追われるスコットランドでもっとも有名なおたずね者になった。

　そこで彼は身元がばれないようマスクをつけ始めた。とはいえ、永久にこれで安全というわけにはいかなかった。






・バスロックの牢獄へ入れられる

　1670年、ペデンはアイルランドへ逃げ、1673年までほとんどを北アイルランドの都市アーマーに潜伏して、多くの人に教えを説いた。

　そして、アイルランドの長老派（カルヴァン派）牧師たちに対し、この事態になにも行動しないのは罪深いと非難した。

　この頃、厳粛同盟をいまだに指示していた長老派は、別々に信徒集会を開催し始めた。ペデンの説教は、アイルランドの盟約者たちを鼓舞した。

　1673年、スコットランドに戻ったペデンは逮捕され、ほかの40名の仲間たちとともにバスロックの牢獄で4年間過ごした。