しかし情報公開法に基づく開示請求の結果、以下の事実が複数の行政機関の公文書によって確認された。
【行政文書によって確認された事実】
▶ 大阪市保健所は食品衛生法第28条に基づく収去を実施しなかった（大大保8562号）
　→ 分析に用いられた検体はすべて被疑企業・小林製薬の任意提供
▶ NIHSの本件資料への関与記録・作成・検討・助言記録が「不存在」（衛研発第0306002号）
▶ 9月18日前後の会議記録・意思決定文書が「不存在」（衛研発第0926001号）
▶ PA同定の分析データ原本・異性体比較記録が「不存在」（厚生労働省発健生0919第2号）
▶ 厚労省がPAの毒性を独自に検討・評価した記録が「不存在」（厚生労働省発健生0805第2号）

３．記録不存在が意味すること
国家的健康被害事案において、原因物質の同定根拠・毒性評価・意思決定プロセスの記録が一切存在しないという事実は、単なる「書類の不備」ではない。
公文書管理法第4条は「行政機関の職員は、行政機関における経緯を含む意思決定に係る文書を作成しなければならない」と義務付けている。この義務に照らすと、記録の不存在は以下のいずれかを意味する。
① 文書を作成しなかった　→　公文書管理法第4条違反の疑い
② 作成したが廃棄した　　→　同法違反の疑い
③ そもそも当該業務を実施しなかった　→　職務懈怠
いずれの場合においても、NIHSが「独立した機関として原因究明・腎毒性確認を実施した」とする公表内容は、客観的事実に反する記載であると言わざるを得ない。
国民の税金で運営される機関が、国家的健康被害事案において原因物質を断定しながら、その根拠となる記録を一切残していない。公務員として何の仕事をしたか証明できない状態にある。

４．本件は科学論争ではない
告発人はNIHSの科学的能力を問題にしているのではない。本件の核心は、行政機関が独立した検証を経ずに特定の企業由来の試験結果を公的機関の検証として公表したという、公文書における虚偽記載の問題である。
行政文書という一次資料のみによって、独立した検証の証拠が存在しないことは証明されている。