・オープニングで登場するポンプは、『ルイージマンション』に登場するオバキュームの発明者でもあるオヤ・マー博士によるもの。

・ポンプがマリオをスキャンする際、画面左下にはマリオの登場する有名な作品からの動画が、右下には作品名が並んでいる。だが右下の作品名の『スーパーマリオカート』、『マリオカート64』を示す部分には「カート/kart」であるべきところが「kirt」とスペルミス。

・「シレナビーチ」ステージの最初のレベル、「ふしぎせいぶつマンタしゅうらい！」にはスティーブン・キングの小説『シャイニング』へのオマージュが。

『シャイニング』の中で、オーバールック・ホテルの料理長ディック・ハロランが「幽霊のようなマンタの形がホテルの上を浮かび去っていった。紙のように薄く、影のようでもあり、小さな形へと分かれていった後、煙になり流れ去った」様を目撃している。マリオはホテル・デルフィーノ近くで「マンタ」の影と戦うこととなり、マンタの影に水をかけると小さな形へと分裂する。

・ホテルの中庭は上空から見るとゲームキューブのコントローラーの形。

・ホテルの中で掃除しているモンテの掃除人は「幽霊が出て問題を起こす。誰か掃除機で幽霊を吸い込んでくれれば」と『ルイージマンション』への言及が。

・英語版ではモンテは「Pianta」という名称で、これはイタリア語では「植物」を意味します。しかしイタリア語版ではモンテの名前は「Palmense」、これは「ヤシの木」を意味するイタリア語をもじったもの。しかし日本版の「モンテ／Monte」は英語では「Mountain/山」を意味する事に。モンテの形が山のようだからでしょうか。

・「マーレのいりえ」の「ビンのなかのあかコイン」ミッションにはとても奇妙なイースターエッグが。瓶の底の岩にはマリオが入ることのできない小さなドアが。