レベルデザイナーに、新たな地形や重力シフトなど、これまでのマリオ作品になかった新たな要素のある中でレベルデザインに集中してもらえるようにするため、ヨッシーは前作では出てこなかった。

T.ヨシザウルス・ムンチャクッパスが宇宙のドラゴンに

・ワールド1の「空島ギャラクシー」にはヨッシーの家がある。最初のミッションを選択し、ヨッシーの家に行くと「御用の方は裏口へ」との看板がありサインは「Yoshi（ヨッシー）」となっているが、このレベルを離れ、3番目のミッションを選択すると、看板に書かれているメッセージは変わらないもののサインが「Yoshi the space dragon（スペースドラゴン・ヨッシー）」となっている。

・「スカイビーチギャラクシー」にはモンテをはじめ『スーパーマリオサンシャイン』のドルピック島からの要素がたくさん登場する。

・「秘密のアスレチックギャラクシー」は『スーパーマリオサンシャイン』の「リコタワーのひみつ」のリメイクとなっている。

・「なつかしの砦ギャラクシー」では『スーパーマリオ64』のステージが再現されている。バッタンキングのセリフもそっくりそのまま。

・ルーバのセリフは状況によって変化する。朝はやくプレイすると「眠い」とフキダシに表示され、マリオに「まだ朝早いでしょ、とても眠い」などと言う。77個、777個、7777個のスターを持っている時に近づくと、「ラッキーだね！」と言う。9999個スターピースを持っていると「何が起こるの？　きっとイイことだね！」と言う。