また、一人で行動するのではなく、労働組合を通じて行動したり、同じような境遇の同僚と一緒に会社と話をしていく方がいいかと思います。
会社にとどまるとどうしても不利益を受ける恐れがある場合は、転職することも一つの手段だと思います。転職の際に不利になるのではと心配される方もいらっしゃるかと思いますが、基本的にはよほど狭い業界でない限り転職で不利になることはないと考えていいと思います。
そもそも、転職先の会社が前の勤務先に採用者の退職の理由等を問い合わせることも基本的にはないと思いますし、前の勤務先が残業代請求の有無を回答することも通常はありません。残業代等の請求をされることは会社にとって不名誉なことですし、個人情報保護の観点からも照会には一切応じないとなるのが通常です。