霧島酒造では、消費者の要望に応え2011年より国産の原料米を100%使用している。その原料米を洗浄し、水に浸した上で自動蒸器にかける。出来上がった蒸し米に、種麹を加えて一定時間放冷される。ここで黒麹を加えたものが「黒霧島」に、白麹を加えたものが「白霧島」になるという。

続いて、米を発酵させる製麹（せいきく）工程に入る。容量約8トンもの自動製麹機で常に撹拌を続け、約42時間かけて麹菌を生育していく。以下の画像のように、発酵の過程でその見た目も大きく変化する。