展示企画にも海洋大らしさが。魚をはじめとする水棲生物が水槽で展示されているほか、標本や魚拓、はく製、ホルマリン漬けなどを見ることができる。学生が自らの学業の研究の傍ら、研究会に所属して熱心に励んでいるそう。凝った説明書きに加え、学生たちが丁寧に解説をしてくれる。

ウミガメ研究会では様々な種類の亀のはく製、卵や赤ちゃんのホルマリン漬けを展示。カメの骨格標本、双頭やアルビノなど珍しい収蔵品もある。

マリンサイエンスミュージアム（前：東京海洋大学海洋学部附属水産資料館）と鯨ミュージアムでは、収蔵標本の展示を行っている。