このため家族や周囲からは怠けているように見えてしまいますが、決して本人が怠けているわけではなく、自律神経のバランスがうまく整わないことによるものです。

起立性調節障害は、自律神経の働きがアンバランスなことにより、寝ている状態から体を起こした際に全身の血流の変化が不十分となり、脳の血流が不十分になることで生じると考えられます。

他にも、水分や塩分の不足、思春期のホルモンバランスの変化、心理的・社会的なストレス（学校や家庭、習いごとなど）、そして「朝起きて学校へ行かなくてはいけない」というプレッシャーが病状の悪化に関与しています。

起立性調節障害は、男児よりも女児の方が多く発症する傾向にあり、小学校高学年（10歳頃）から次第に増加して、高校3年生くらいまでの間が発症のピークとなります。

発症しやすい性格としては、几帳面・真面目・正義感が強いといった性格の人が何かのストレスや失敗を契機に発症する傾向があるとされています。