それでは後輩からはどう見えているのか。

ご質問者様にお伝えします。
ご質問者様が望んでいるのは「お局様から嫌われないで現状を打破する方法」でしょう。
残念ながら少なくとも私はその方法を知りません。

何故なら後輩から今の状況がどう見えているかと言えば。
「悪の親玉である御局がご質問者様という部下を引き連れて、私を苦しめている」という風に見えているから。
ご質問者様からすればご不快な結果かもしれませんが、少なくとも後輩からはこう見えているのではないかと思わずにはいられません。

後輩が望んでいることは何かと言えば、お局様というボスの攻撃から身を呈して守ってくれること。
攻撃を受けたあと「大丈夫！？ 痛くない？」と駆け寄ってくる人間はいくらでもいるのです。それが有難くない訳ではないのですが、本質的にはそこまで重要ではない。

苦しんでいる人間が欲しっているのは、攻撃を受けている時に盾になってくれる人。

攻撃を受けている時に一緒にダメージを受けてくれる人。

攻撃を受けないように一緒に戦ってくれる人。

戦乱の真っ只中、最も辛く、最も味方が欲しい時に近くにいてくれないくせに、嵐が過ぎたら傘を指す。

それでは人は救えない。残念ですが救えません。

「私が上司に相談すると、私がお局に目をつけられそうですし……」とお考えになるご質問者様には現状の打破は不可能でしょう。
私はご質問者様を否定するつもりはないのです。
「目をつけられたくない」と思うのも当然ですし、「後輩を助けたい」と願うのも素敵な感情でしょう。
ですがこの2つは共存しない願いなのです。ご質問者様が何と言おうとも、客観的に見ればご質問者様は「お局様」の配下武将。
配下武将が将軍に意見をいえば、目をつけられないはずがないではありませんか。