関節をポキポキ鳴らすのが癖になってしまう原因として、なんとなく爽快感や達成感があるためではないかと思われます。

実験的に立証されたわけではありませんが、骨・軟骨・靭帯に強い力をかけ続ければ、靭帯がゆるんで関節が不安定になったり、骨や軟骨の損傷・変形を招く可能性もない訳ではありません。

日常的に鳴らす癖はできるだけなくしたほうが良いと思われます。

急激に関節を曲げ伸ばしする動作はせず、ストレッチなどはゆっくりと行うようにします。ストレッチは音が鳴らない範囲で行うようにしたほうが無難でしょう。