自然欠乏症候群の症状としてまず挙げられるものは全身の倦怠感です。「なんとなくだるい」といった感覚があるものの、内科受診で様々な診察や検査を受けてもどこも悪いところはなく正常範囲との結果が出ます。

悪化すると、まるでうつ病のように「何もするような気力がでない」や「眠れない」などの症状を呈してきます。

そうした症状から精神科や心療内科を受診するものの、うつ病の診断基準は満たさないため、軽めの抗不安薬や睡眠薬などの処方を受けることになります。しかし、こうした薬の服用では一向に症状が回復しないことが特徴です。

子どもでは、落ち着きや集中力ががなくなり、忍耐力がなくなるなど、ADHD（注意欠陥多動性障害）に似たような症状を呈することもあります。