1：乳酸菌（善玉菌）がインフルエンザに対して予防効果を発揮し得ること
（簡単に言えば、腸内の免疫担当細胞であるナチュラルキラー細胞を活性化してウイルスを撃退する）

2：動物実験レベルではあるものの、1の効果は生きた乳酸菌が腸内に届き腸内環境が改善した結果ではなく、乳酸菌が作り出した物質や菌体成分（乳酸菌生産物質）が腸管免疫を直接活性化したためだと推測されること

上記から、生きた乳酸菌を腸まで届けて、乳酸菌が生存してゆくのに必要なオリゴ糖類を腸に与えて増殖させれば腸内フローラが改善し健康になれる、というのはどうやら真実とは異なるようだ、ということが分かりつつあります。

まだ未解明なインフルエンザに対する乳酸菌の効果
ヨーグルトなど食品中に存在する乳酸菌などは、胃や小腸での消化液により殺菌され大腸に届く前に90%以上が死滅し、またごく少数の菌は生きて大腸まで届いたとしても、元々腸内に存在する細菌群から異物とみなされてほどなく体外に排除されてしまいます。

なので、通常であれば乳酸菌を含む食品を摂取しても、それ自体が腸内で増えることはまず有り得ません。

実際は乳酸菌を含む食品の摂取によって、健康増進作用やインフルエンザをはじめとする感染症予防効果が確認されているため、当然疑問が生じてしまいます。

日本の農学博士・微生物学者の光岡知足先生[1][2][3]によれば、乳酸菌などの善玉菌を生きたまま腸に届けることだけが重要なのではなく、死菌や菌体成分にも様々な健康作用・感染症予防効果が期待できることを考慮に入れて腸内細菌を見直す必要があるとしており、今後の研究成果が期待されます。